Susunan Organisasi Inspektorat Daerah Kabupaten Bantul terdiri atas :
- Inspektur
- Sekretariat
- Sub Bagian Program dan Keuangan
- Sub Bagian Umum dan Kepegawaian
- Sub Bagian Evaluasi Data dan Laporan
- Inspektur Pembantu
- Inspektur Pembantu Bidang Pemerintahan dan Aparatur
- Inspektur Pembantu Bidang Kesejahteraan Sosial
- Inspektur Pembantu Bidang Perekonomian
- Inspektur Pembantu Bidang Keuangan dan Aset
- Inspektur Pembantu Bidang Investigasi
- Kelompok Jabatan Fungsional
