Susunan Organisasi Inspektorat Daerah Kabupaten Bantul terdiri atas :

  1. Inspektur
  2. Sekretariat
    • Sub Bagian Program dan Keuangan
    • Sub Bagian Umum dan Kepegawaian 
    • Sub Bagian Evaluasi Data dan Laporan
  3. Inspektur Pembantu
    • Inspektur Pembantu Bidang Pemerintahan dan Aparatur
    • Inspektur Pembantu Bidang Kesejahteraan Sosial
    • Inspektur Pembantu Bidang Perekonomian
    • Inspektur Pembantu Bidang Keuangan dan Aset
    • Inspektur Pembantu Bidang Investigasi
  4. Kelompok Jabatan Fungsional